Num ambiente de outro mundo, noturno, repleto de pilares sob um luar sobrenatural, revela um jovem mascarado e utilizando uma misteriosa vestimenta.Ao som de um misterioso sino, este jovem está ajoelhado num pilar destacado, como se fosse um altar. Ele se levanta como se tivesse acabado de receber a sua missão.Seu destino é o mundo dos homens, a superfície da Terra.
Enquanto isso, num local tranqüilo, próximo ao Santuário da Grécia, avista-se uma casa de veraneio próximo ao lago. Seiya está lá, sentado numa cadeira de rodas, sem esboçar qualquer sinal de vida, seu olhar é vazio. Repentinamente, três figuras surgem dos céus, duas dessas sobras são figuras com asas, como se fossem anjos. E junto a eles, está o jovem mascarado, que logo declara a morte de Seiya. Os três sujeitos atacam Seiya com lanças de energia materializada.
Os anjos proclamam que Seiya merece morrer pelos crimes que cometeu contra os deuses. No entanto, nenhuma das lanças feriu mortalmente Seiya, o que surpreende a todos. O jovem mascarado se aproxima do inerte Seiya e percebe o que ocorreu. Ele pega uma das lanças e a arremessa contra a casa de campo. O impacto do ataque despedaça alguns dos vidros da casa, porém, a lança cai no chão sem ter conseguido atingir seu alvo, assim como ocorreu com Seiya. O jovem pergunta se tudo aquilo tinha ocorreido pelo poder de Atena, e eis que surge Saori Kido de dentro da casa.
Ela caminha lentamente até Seiya, sua presença divina inibe a investida dos outros dois sujeitos contra ela. Saori caminha até Seiya e o cobre com uma toalha. Enquanto os misteriosos assassinos afirmam que Seiya não merece a proteção de Atena, e ela pergunta o quem ordenou aquilo.O mascarado explica que foram ordens da irmã mais velha de Atena. Os outros dois inimigos se preparam para atacar, quando uma poderosa presença toma conta do lugar.
As trevas tomam conta do céu, o dia vira noite e a imagem de uma lua sobrenatural surge no céu, resplandecendo mais do que o sol, iluminando todo o lugar. Surge Artemis, a deusa da lua e da caça. Os guerreiros imediatamente se ajoelham perante sua deusa. Artemis declara que uma deusa que se voltou aos contra os deuses como Atena, não pode mais ficar com o controle da Terra e que os humanos também deveriam ser punidos por seus atos. Saori não parece se intimidar com a empáfia de sua irmã mais velha. A aura de determinação de Atena é sentida até mesmo pelo jovem mascarado. Atena materializa seu báculo de Niki e resolve entregá-lo a Artemis, como uma prova de transferência do posto de protetora da Terra, mas em troca, ela pede que os humanos sejam poupados, e que os deuses perdoem os pecados atribuídos aos Cavaleiros de Atena.
Artemis não acredita que Atena supervaloriza tanto a vida dos humanos, mas decide firmar acordo com Atena, mas se os Cavaleiros voltassem a desafiar os deuses, a senteça de morte seria cumprida. Artemis toma o báculo em suas mãos e ordena que Saori volte ao Santuário para expiar seus pecados e voltar a ser uma deusa. Algum tempo depois, Seiya que até então estava inerte, reage ao ter um pesadelo com o momento em que usava a quase Armadura Divina de Pégaso na luta final contra Hades, onde a espada do Rei das Trevas varou seu peito, deixando-o naquela situação vegetativa em que se encontrava até então. Seiya desperta por não sentir mais a presença de Saori.
Longe dali, num ambiente sombrio do Santuário, as almas de Sion, Dohko, Mu, Aldebaran, Máscara da Morte, Aiolia, Milo, Shaka, Shura, Camus, Afrodite, Saga e Canon estão sendo julgados por imponentes vultos. Eles revelam ser deuses e oferecem aos Cavaleiros de Ouro a chance de se redimirem por seus pecados, servindo aos deuses do Olimpo. Os dourados não se rendem e afirmam que serão fiéis a Atena e seus ideiais para sempre, e mesmo que algo lhes acontecesse, haveria bravos guerreiros que lutariam pelos seus ideiais. Como punição, os deuses decretam que as almas dos dourados seriam seladas naquele local.
De volta a casa de campo, o dia amanheceu. a cadeira de rodas onde Seiya estava, agora está quebrada, Seiya aparece rastejando na relva, tentando encontrar Atena de qualquer forma. Seiya não sente a presença de Atena no mundo. Marin surge ao ser atraída por um cosmo familiar, mas em vez de encontrar quem procurava, ela encontra Seiya e fica surpresa. Seiya pergunta sobre o que havia acontecido e sobre onde estava Atena. Marin conta a Seiya o que ela sabia, ou seja, que Seiya estava inerte desde a luta contra Hades, e que Atena se recolheu para cuidar pessoalmente dele, mas ela não imaginava que eles estivesse naquele local. Seiya está preocupado porque sente o mundo abandonado, sem a proteção de Atena, ele tem um mal pressentimento. Marin vai até a cadeira de rodas e encontra um estranho sino, uma pista de quem ela procurava. Ela então diz que Seiya deve ir ao Santuário, lá encontrará Shaina e os outros e a resposta para suas perguntas, ela o anima e guarda em segredo o sino.
Seiya segue a dica de sua mestra e parte para o Santuário, mas lá já não é mais o mesmo lugar de antes. O local parece ter sido alteraod por alguma força fora de sua compreensão. Seiya não acredita em seus olhos. Ele é recebido por Shaina, que diz que aquele não é um lugar para um renegado como ele, e que aquele é o Santuário de Artemis agora. Seiya pergunta por Saori, mas Shaina apenas responde que o Santuário é de Artemis agora. Jabu e Ichi aparece, todos se comportam como servos de Artemis, os Cavaleiros de Atena não existem mais, é o que todos dizem a Seiya. Mesmo assim, o Pégaso não desiste e acaba apanhando para Jabu, Ichi e Shaina. Seiya não consegue liberar seu cosmo. Shaina fala palavras duras, mas ao mesmo tempo, ela parece esconder algo e tentar dizer a Seiya algo com seus atos. Com seu golpe, Garras de Trovão (Thunder Claw) ela o lança em um abismo. Shaina e os outros se retiram, pois sabem que Seiya não seria o único a vir ao Santuário.
Enquanto isso, Saori caminha por um estranho corredor ensopado de água. Seiya desperta numa caverna subterrânea, ele está aos pés de um pequeno lençol freático. Ele não acredita no que Shaina e os outros disseram. Seiya percebem que o cofre de sua Armadura está numa poça de água, dentro de uma fenda próximo a ele. Seiya entra naquele local, adentrando nas águas, e tenta tocar sua Armadura Sagrada, mas algo o impede, um dor terrível o aflige. Ele acha que seu corpo não quer obedecê-lo, ele então desanima. Porém, num local com uma enorme poça de água, a Fonte de Redenção, está Saori, ela então começa a derramar seu sangue divino naquela água como forma de expiar seus pecados, sacrificando-se para também compensar os crimes da humanidade perante os deuses.Seiya sente um cálido cosmo através da água.
Em outra parte do Santuário de Artemis, Shun, utilizando suas correntes para escalar uma encosta, estranha a condição do Santuário, mas eis que um anjo vem voando em sua direção e o ataca. Shun tenta revidar com a Corrente Nebulosa de Andrômeda, mas o anjo é mais veloz e desvia. Ele pisa sobre as correntes que sustentam Shun. Ele se apresenta como um Anjo, ele é Teseu, um Guerreiros Celestial que serve aos deuses, ele declara que será o fim da humanidade. Ele ataca Shun, os dois sobrem a encosta e encontram um estranha fortificação talhada na rocha maciça. Teseu está mais adiante, num ambiente aberto, o chão está coberto de água. Teseu conta que Atena está derramando seu sangue para a humanidade ser poupada do castigo dos deuses, com isso ela logo morrerá. Shun não admite tais palavras e parte para cima de Teseu. O Anjo o arremessa contra um enorme pilar de pedra que se encontra no meio do estranho palco de batalha. Shun se espanta ao se dar conta de que são os Cavaleiro de Ouro selados ali. Shun então parece sem esperanças perante a cena dos mais poderosos guerreiros, com suas almas seladas tão facilmente. Teseu está prestes a fulminar Shun com um raio dourado resplandescente, mas um poderoso golpe flamejante atinge o Guerreiro Celestial, detendo sua investida.
Eis que surge Ikki de Fênix, com seu cosmo flamejante sob a forma da lendária ave de fogo imortal. Shun tenta contar a Ikki sobre a situação, mas Ikki já sabe de tudo e pede calma ao seu irmão. Teseu não compreende porque eles insistem em lutar se até Atena os renegou. Ikki diz que a permissão ou não de Atena não tem relação com o fato de que eles são Cavaleiros de Atena e lutarão por ela e pelo que acreditam de qualquer maneira, a prova de serem Cavaleiros está em suas cicatrizes. Ikki tenta atacar Teseu, mas é inútil, a Corrente de Andrômeda, assim como o próprio Ikki, são facilmente repelidas. Teseu começa a perceber que eles são bravos e que não temem a nada, por isso os deuses os temem. Ele então decide eliminá-los, pois são uma ameaça aos deuses. Ikki e Shun decidem lutar juntos desta vez, mas Teseu é forte demais e os derruba novamente sem dificuldades. Os irmãos estão caídos na água que está espalhada pelo chão. Sangue começam a ser derramado dos olhos das estátuas dos dourados, a água é tomada pela essencia dos dourados. Ikki e Shun sentem o cálido cosmo de Atena e dos Cavaleiros de Ouro e decidem lutar mais uma vez.
Combinando a Corrente Nebulosa de Andrômeda (Nebula Chain), seguida da Tempestade Nebulosa (Shun), e o Ave Fênix (Phoenix Ten Shô), a estratégia de Teseu é driblada e ele é eliminado de vez. Ikki e Shun caem na água, exaustos pelo esforço, a voz de Sion ecoa, afirmando a confiança que sentem nos Cavaleiros de Bronze, defensores de seus ideais. Enquanto isso, Seiya, que conseguiu vestir sua Armadura Sagrada de Pégaso, caminha num lugar rochoso ensopado de água. Depende a água começa a congelar e ele vê um cristal de neve, é o sinal de que Hyoga está ali. Porém, ao chegar ao campo de batalha inusitado, a cena é terrível. Shiryu, nocauteado, aparece boiando numa poça de água, e Hyoga cai após sofrer com o impacto de seu próprio golpe congelante. O autor de tudo aquilo é outro Guerreiro Celestial, o Anjo Odisseu.
Seiya pergunta o motivo de tudo aquilo, e Odisseu responde que é porque ele tem a missão de eliminar os Cavaleiros de Atena. Seiya diz que também é um, em tom de desafio. O Anjo o ataca, mas apesar de ser um ataque lento para um Cavaleiro como Seiya, o Pégaso não consegue ainda se mover e lberar todo seu poder, assim é facilmente atingido. Odisseu revela a Seiya a situação de Atena, o que deixa o Cavaleiro furioso. Ele ataca com seus Meteoros de Pégaso (Pegasus Ryû Sei Ken). Porém, com seu estranho poder, Odisseu reune todos os meteoros e amplifica o poder, mandando de volta todo o impacto contra Seiya. Seiya não desiste e tenta mais uma vez, mas Odisseu repete sua técnica e detona Seiya. Mas Seiya é persistente, impressionando Odisseu. O golpe de Seiya, agora em forma de um cometa maligno, graças ao poder de Odisseu, parte para cima de Seiya novamente. Porém o golpe é congelado no ar pelo poder de Hyoga que se levanta e afirma que Seiya o fez lembrar do que é ser um Cavaleiro. Ele ataca Odisseu com o Pó de Diamante (Diamond Dust), mas Odisseu detém o golpe e quando está prestes a enviálo de volta, Shiryu se ergue das águas com seu Cólera do Dragão (Rozan Shô Ryû Ha) atacando o Anjo com um golpe que mistura a força de seu cosmo a força das águas ali presente. Porém, Odisseu também detem o seu golpe e combinando ao golpe do Cisne, ele envia tudo contra os dois Cavaleiros, que se vêem vencidos pela violenta força de seus próprios golpes combinados e amplificados. Odisseu está ileso.
Seiya pensa em voz alta sobre a persistência de suas lutas, mesmo apesar dos ferimentos e da morte de companheiros. Seiya insiste em lutar, Odisseu ignora a tudo e está pronto para acabar com eles. Hyoga e Shiryu se elvantam mais uma vez e afirmam que Odisseu e os deuses jamais entenderam a luta deles, e que Seiya lembrou tudo a eles. Seiya entende que aquela não é sua luta e parte deixando Shiryu e Hyoga prestes a atacarem o inimigo com tudo que lhes resta. Seiya diz que seguirá em frente, mas que os verá adiante também. Odisseu aparece incrédulo por ter sido vencido por humanos, mesmo sendo um enviado dos deuses. Ele explode, deixando Shiryu e Hyoga exaustos, no chão, desejando que Seiya continue prosseguindo.
Num deserto inóspito, Seiya tropeça e cai, ele está desanimado, pensa em seus amigos e em Atena. O jovem mascarado surge perante ele, se apresentando como o Anjo Ícaro, um Guerreiro Celestial. Ele não compreede porque Seiya continua lutando, mas Seiya diz que luta somente para proteger Atena, independente da vontade dela. Ícaro não compreende como alguém com um cosmo tão fraco conseguiu vencer os deuses. Ícaro então decide eliminá-lo para assim conseguir realizar a sua ambição de se tornar forte como um deus, capaz até de eliminar o lendário Pégaso, aquele que eliminou deuses. Os meteoros de Seiya não afetam Ícaro. O Anjo fica decepcionado e resolver acabar com aquela imagem decadente de Pégaso. Ele usa seu poder elétrico e em seguida materaliza o seu poder na forma de uma lança, como havia feito no início.
Porém, repentinamente, um sino é arremessado contra Ícaro. Ele o agarra, e logo em seguida, Marin o ataca. Ícaro tenta atacar Marin, mas ela consegue desviar. Ícaro observa que seu oponente é uma mulher, mas alguém familiar. Marin mostra o seu próprio sino, semelhante aquele que ela encontrou na casa de campo e que havia arremessado, e diz que está procurando o dono do tal sino arremessado. Ícaro afirma estar incomodado pelo cosmo de Marin e a ataca. Ele afirma que não é mortal, mas Marin afirma que sabe que o som do sino o perturba. Marin, já havendo constatado que encontrou quem procurava, diz que o estava procurando há muito tempo, ela diz que veio atrás dele por conta do sino que encontrou. Ícaro afiorma que superou os sentimentos humanos, que pare ele é uma fraqueza. Marin discorda e diz que os humanos são fortes porque convivem com todas as emoções.e não se deixam abater por elas. Ícaro a ignora e diz que não precisa desses sentimentos e muito menos de família. Ele está prestes a fulminar Marin com seu cosmo. Marin está imobilizada pelo poder grandioso de Ícaro. Ele está prestes a atacar, quando Seiya o ataca com um meteoro, salvando Marin. Ícaro agarra Seiya e com seu poder ele começa a eletrocutá-lo, até que uma grande explosão arremessa Seiya longe, caindo de um penhasco. Ícaro ameaça Marin, mas ela desiste de falar com ele, e diz que Seiya ficará cada vez mais forte e vai superá-lo. Ela vai embora tranquilamente.
Longe do deserto, num pequeno lago, Seiya boia, ainda se recuperando do golpe de Ícaro. De volta ao Mundo Celestial, no domínio de Artemis, onde o filme havia começado, Ícaro tem recordações de quando era criança e jurou proteger sua irmã mais velha. Artemis chega até o seu Anjo, ela questiona sobre sua atração pelo mundo dos humanos e ele questiona sobre o motivo pelo qual os outros Anjos perderam para humanos, mas ela diz que ele não tem o que temer, pois ela o havia escolhido. Artemis se aproxima de Ícaro demonstrando seu carinho por ele. Ela diz que confia nele, ele então diz que tudo acabará com o fim de Pégaso. Artemis pede então que seja feito na frente de Atena, e vai embora, caminhando em pleno ar. Ícaro então concorda em fazê-lo na frente de Atena.
Seiya continua avançando, ainda imerso na água. A mesma dor de antes o aflige, seu corpo parece resistir a sua vontade de seguir em frente. Mas ele não desiste e prossegue mesmo com a terrível dor vindo de seu peito. Numa construção de rochas recortadas, Ícaro pensa em como os Atena e os Cavaleiros nas mãos dos deuses, assim como ele. Deixando de lado tais pensamentos, ele decide que eliminará Seiya, assim se tornará um deus, pois foi esse o motivo de ter começado a servir Artemis. Seiya chega e afirma que não importa se desafiará os deuses, sua luta é por Atena. Ícaro então o desafia, ele quer ver o verdadeiro poder de Seiya, o poder capaz de vencer os deuses. Começa uma luta violente entre o Cavaleiro de Pégaso e o Anjo Ícaro. O Guerreiro Celestial sente que o cosmo de Seiya está se elevando, e Seiya diz que o fará cada vez mais até chegar a Atena. Ícaro não se intimida e o arremessa para dentro da construção que leva até a Fonte de Redenção. Ícaro continua desafiando Seiya, ele quer que Seiya o mostre o verdadeiro poder, mas Ícaro não acredita que ele possa fazê-lo e decide atingi-lo com seu golpe para mandá-lo até Atena.
Com a grande explosão do poder de Ícaro, Seiya é arremessado até o local onde Saori continua a derramar seu sangue. Seiya e Saori se reencontram finalmente. Até então Saori estava em silêncio, mas ao ver Seiya, ela fala e vai até ele. Saori pede desculpas por tudo que ele tem passado, mas ele diz que não é culpa dela, ele está feliz por reencontrá-la. Saori diz que não é mais a deusa que Seiya deveria proteger, mas ele diz que isso não importa, ele lutará por ela sempre. Saori então se dá conta do que precisa fazer. Ela agradece a Seiya, mas diz que vai ter que matá-lo.
Seiya não acredita nela, mas ela sai da água e pede que Artemis lhe entregue o báculo para eliminar Seiya. Artemis fica contente, está é a prova de que Artemis voltou a ser uma deusa, ela então entrega o báculo a Atena. Saori se aproxima de Seiya, que está conformado, pois entregou sua vida a Saori há muito tempo. Saori atravessa o peito de Seiya com o báculo, ele então cai nas águas da Fonte da Redenção.
Shun, Ikki, Shiryu e Hyoga sentem o cosmo de Seiya se apagar, mas eles superam esse baque e prosseguem até Atena. Shaina, Ichi e Jabu também sentem o cosmo de Seiya sumir e parecem incoformados. No ponto mais elevado do Santuário de Artemis, Saori aparece carrgando o corpo de Seiya em seus braços. Ela começa a indagar sobre o valor da humanidade e pensa sobre o motivo de proteger a humanidade e de seu valor. Artemis observa a cena. Saori pede perdão a Seiya por fazê-lo lutar por ela, mas ele, repentinamente, diz que não há motivo para pedir perdão, pois luta porque quer, pois é por ela que ele sempre quis lutar.
Artemis então conclui que o golpe do báculo de Atena serviu apenas para retirar a maldição de Hades que recaiu sobre Seiya após final da derradeiro da batalha contra Hades. Atena mais uma vez escolheu os humanos e traiu os deuses. Atena diz que queria que Seiya e os outros vivessem como humanos normais, mas isso no fundo era egoísmo dela, pois estava privando Seiya e os outros de lutarem por suas próprias crenças e ideais, Seiya lutava porque compartilhava do mesmo amor de Atena por este mundo. Atena declara que está do lado dos humanos, e Artemis decreta que ela morrerá com os humanos.
Ícaro então parte para cima de Atena, mas acaba se chocando no ar com Seiya, que pulou para protegê-la. Seiya agora pode concentrar todo seu cosmo normalmente, lutando em pé de igualdade com Ícaro. Artemis diz a Atena que está sofrendo por ter que matar sua própria irmã. Porém, Atena não se intimida e diz que está pronta para enfrentar Artemis. Seiya e Ícaro se enfrentam violentante enquanto Artemis cobre o local com seu cosmo.
Atena conta que encontrou algo maior que o poder dos deuses, mas Artemis não acredita na existência de tal coisa. Atena questiona a existência dos deuses, ela afirma que eles existem para servirem aos outros seres vivos, mas Artemis retruca dizendo que os deuses são deuses e os humanos são apenas cópias imperfeitas deles. Ela materializa seu arco e flecha dourados e ameaça atirar contra Atena, mas ela não teme e continua a falar sobre as crenças dos humanos. Enquanto isso Seiya derrota Ícaro com seu Meteoro de Pégaso (Pegasus Ryû Sei Ken).Ícaro é arremessado, mas Marin o segura antes que ele cai num abismo. Ele então reconhece que é mortal e que tinha feito de tudo para se tornar forte para proteg~e-la, mas que acabou sendo possuído por esse desejo, por isso ele decidiu que deveria esquecer suas emoções para se tornar forte, embora o sino sempre fosse sua lembrança de humanidade. Marin pede perdão pela ausência e o chama pelo seu real nome, Touma, seu irmão mais novo. Touma então se dá conta que a força do amor é o que move os humanos e os faz romper todos os limites. Atena diz que quando sua irmã atirar a flecha, ela vai compreender o que ela quer dizer. Artemis diz que os deuses não precisam de amor e dispara. Sangue jorra perante o rosto de Saori.
De repente, vemos que Touma é que recebeu a flechada no lugar de Atena. Touma não compreende porque fez aquilo, mas diz que não quer que Artemis mate sua própria irmã, ele não queria que ela sujasse suas mãos com o sangue de sua própria irmã. Touma desmaia agonizando nos braços de Marin. Seiya se revolta e indaga a Artemis que tipo de mundo os deuses desejam ver. Artemis está abalada pelo ato de Ícaro. Seiya indaga furiosamente o que são os deuses. Saori tenta deter Seiya, mas ele ataca Artemis com um meteoro, mas de repente, o meteoro se desfaz antes de tocar Artemis.
Um poderoso cosmo tomou conta do lugar, a iluminação muda para um vermelho flamejante. Saori reconhece a voz do imponente Apolo, o deus sol e de vários outros atributos. Ele então esnoba a pergunta de Seiya, e diz que aos humanos não é permitido sequer pensar em perguntar o que são deuses. Artemis está surpresa, Apolo diz que pensava que ela fosse mais esperta. Ele então transporta Saori para sua mãos. Ele a segura e admira sua beleza, mas lamenta o fato de que esse rosto deixará de existir. Então ele começa a manifestar seu poder destrutivo contra Saori. Seiya então lança um meteoro contra Apolo, fazendo com que ele largue Atena e se teleporte para outro lugar instantaneamente.
Saori pede que ele recue, pois o poder de Apolo é maior do que os poderes deles. Mas Seiya diz que se há algo que não aprendeu com Marin, é fugir de um inimigo. Ele então ataca Apolo, mas não consegue romper o campo de força que protege o Deus. Ele diz como é glorioso ser um imortal, mas Seiya diz que ele também é parte imortal por ter um cosmo infinito. O cosmo de Seiya explode. Tudo se ilumina, Shiryu, Hyoga, Shun, Ikki, Marin, Touma, Shaina, todos são ofuscados por essa luz.
Seiya fala sobre a natureza do ser humano, sobre sua luta pela sobrevivência, ele renega os deuses que não compreendem o amor. Apolo diz que aos humanos não é permitido renegar os deuses, ele contem a investida de Seiya. Saori adverte Apolo de que ele corre perigo, mas Apolo a ignora. Seiya então eleva seu cosmo além do limite e salta para cair sobre Apolo. O deus sol concentra seu poder para eliminar Seiya. A cena é cortada bruscamente.
Um humano superarou os deuses, que tipo de punição recairá sobre ele, e o que será perdoado? Essa é a indagação final do filme. A resposta a essa pergunta, é uma estranha cena, de volta a casa de campo, Seiya, com uma mochila nas costas, parece estar de passagem por ali e conversa com alguém que está na sacada da casa. Ele comenta que sente uma certa familiaridade naquele local. A pessoa da sacada se revela ser Saori, ela diz não haver ninguém ali além dela, então ela deseja a Seiya boa sorte em sua busca por algo importante para ele.
Porém, uma visão do futuro surge na tela, e Seiya surge com uma nova Armadura Sagrada de Pégaso, ele ataca Apolo, que acaba sendo arranhado, Seiya acaba perdendo sua Armadura e caindo no vácuo do final do filme. Uma nova saga apenas começou.
