Asuka Langly Soryu - Piloto do EVA-02, é a segunda criança, tendo a personalidade mais forte. É parte alemã e parte japonesa, cresceu nos EUA e veio para a NERV com a proteção de Kaji Ryouji, suspirando de amor por ele. Por sua mãe ter se suicidado Asuka se tornou uma pessoa arrogante, egoísta e orgulhosa. Tem a obsessão de ser a melhor, quando não consegue fica nervosa e critica(com sete pedras na mão). No fundo é a personagem mais perturbada da série. Sua personalidade, faz com que seja uma pessoa difícil de se conviver. Quem sempre sofre é Shinji, por ser exatamente o oposto dela. Após se mudar para o apartamento de Misato, muda um pouco seu comportamento.

Gendo Ikari -  É considerado um dos vilões da série. Comandante chefe da NERV e planejador do "Human Aid Project" (projeto de ajuda aos humanos). Sendo vingado pela SEELE, por guardar muitos segredos sobre o Projeto-E. É pai de Shinji, o piloto do EVA-01, muito reservado, menospreza seu filho como um simples piloto (conversando muito pouco com ele). Por outro lado trata Rei como sua própria filha. Gendo é incapaz de expressar suas emoções, mas consegue manipular as pessoas de todas as formas para seus propósitos. Seu antigo sobrenome era Hokobuji, mudando para Ikari após ter se casado com Yui, uma pessoa a que amou muito. Teve como amante Naoko e mais tarde Ritsuko.

Hikari Horaki - Representante da classe, é bem autoritária, gritando constantemente com Touji, Kensuke e a classe para prestarem atenção na aula. Adora cozinhar e a dar em cima de Touji (o incrível é que ele não percebe). É amiga de Asuka, a qual incentiva a sair com rapazes.

Hyuuga - É terceiro operador do super computador. Diferente dos outros dois, Hyuuga consegue entender as decisões de Gendo e concorda com ele quase 100%. Porém também tem grande curiosidade sobre as ações da NERV, ajuda Misato a saber a verdade sobre a quinta criança (Kaworu Nagisa).

Kaji Ryouji - É do Departamento Especial de Inspeção (DEI) da NERV e também do Departamento do Interior do Japão. Mas também é um espião, mandado pela SEELE como protetor de Asuka, para investigar as verdadeiras intenções de Gendo com a NERV, conseguindo conquistar a confiança de Ritsuko e Misato. Foi namorado de Misato no colegial, sempre tenta voltar, mas ela sempre o rejeita. Apesar de viver "perigosamente", seu principal passatempo é cultivar melancias.

Kell Lorenz - É um dos mais misteriosos personagens da série. É um dos criadores da SEELE e fundador do plano da evolução do homem em um único ser. É bem velho e possui partes cibernéticas em seu corpo - muitos acreditam que ele é  o "Judeu Misterioso", o qual é forçado a vagar até o fim da humanidade e do mundo. Sempre tenta estar um passo à frente da NERV e dos planos de Gendo.

Kensuke Aida - Um dos amigos de escola de Shinji. Gosta muito do exército (é o único que gosta da guerra). Almeja ser um piloto de Eva, coisa que nunca conseguirá.

Kaworu Nagisa - Quinta criança, foi o último piloto de Eva que entrou na NERV, sendo também o 17° Anjo. Tornou-se amigo de Shinji rapidamente, mas teve que traí-lo quando tomou o controle do EVA-02, durante uma tentativa de alcançar o terminal Dogma e tocar Lilith (quem pensou ser Adão), resultando no 3° Impacto. Quando descobriu que era Lilith, pediu a Shinji que o matasse para o bem da humanidade. Foi o único personagem que demonstrou amor por Shinji.

Kouzou Fuyutsuki - Era professor de Biologia e chegou a dar aula para Yui no colegial, muito antes do 2° Impacto, foi conselheiro de Gendou a pedido de Yui. Este é o amigo mais próximo de Gendo por terem as mesmas metas - mas isso não impede Gendo de omitir fatos. Pouco antes de unir-se a Gendo, descobriu a verdade por trás do 2° Impacto e como era movido pelo ciúme que tinha de Gendo, que se casou com Yui Ikari (a mulher de quem ele gostava), ameaçou expor a verdade. Mas foi convencido por Gendo a se unir a Gerhin, hoje conhecida como NERV.

Makoto - É o segundo operador do super computador e costuma seguir as ordens sem questionar, mas também não costuma concordar com Gendo. Como passatempo ouve música.

Maya Ibuki - É a primeira operadora do super computador MAGI. Se espelha em Ritsuko. Está constantemente melhorando suas habilidades e aprendendo mais sobre os EVA's, o MAGI e as operações da NERV. Maya nem sempre concorda com as decisões de Gendo, mas ainda assim ela é de grande ajuda para a NERV.

Misato Katsuragi - Pertence à primeira divisão da seção de operação no departamento tático do QG da NERV, além de ser comandante das operações contra os Angels e supervisora de Shinji, Asuka e Rei. Acaba "adotando" Shinji. Tem controle total sobre todos os EVA's, mas não é uma pessoa totalmente dedicada ao seu trabalho. Ela adora beber e mantêm um "caso secreto" com Kaji.

Naoko Akagi - Cientista do projeto EVA e criadora do sistema MAGI, Naoko era mãe de Ritsuko. Foi ela que desenvolveu o Super Computador MAGI, composto pelos três processadores Balthasar, Melchior e Gaspar, cada um como um aspecto seu; mulher, mãe e cientista. Não gostava de Yui e após a sua morte se tornou amante de Gendo. Matou a "primeira" Rei e depois se matou pulando da plataforma do MAGI, fato que foi encoberto pela NERV. Sua alma e cérebro estão dentro do MAGI.

Pen Pen - Animal de estimação de Misato, é um pingüim de água quente, bem quieto. Não gosta da comida de Misato, não se importa com o que acontece em casa e também gosta de tomar cerveja.

Rei Ayanami - Piloto do EVA-00, é a primeira criança, foi criada artificialmente pela NERV, clonada através células do DNA de Yui. É quase incapaz de ter sentimentos, só tendo afeto por Gendo. O fato de não ter vontade própria, desejos e sentimentos faz com que ela seja uma ótima marionete para a NERV. É um dos vários clones existentes, que dividem uma mesma "alma". Se Rei morrer, tudo que Gendo faz é providenciar um outro clone e colocá-lo no lugar dizendo que Rei sobreviveu, isso explica o fato de suas voltas totalmente desmemoriadas e das muitas batalhas onde as chances de sobrevivência eram mínimas. Segue sempre a risca tudo que Gendo manda. Não sabe nada sobre o seu passado.

Ritsuko Akagi - É uma das peças importantes da NERV. Sua mãe, Naoko Akagi, foi a criadora do super computador MAGI. Agora é encarregada do Projeto-E (Projeto - Evangelion), dando continuidade ao trabalho de sua mãe. Ela tornou-se grade amiga de Misato no colegial, mas, como membros da NERV, durante algumas decisões estratégicas discordaram em muitos pontos - Ritsuko tenta sempre manter a segurança dos pilotos dos Evas durante as batalhas. Ela acaba por adquirir um grande ódio por Rei quando descobriu a verdade por trás dela. Quando destrói todos os clones de Rei, fica sobre custódia. Para vingar-se da NERV, em especial Gendo, ela cria o código 666 para destruir o super computador MAGI, mas Gaspar, uma das três seções do computador, para a autodestruição.

Shinji Ikari - Personagem principal, é terceira criança e piloto do EVA-01. Shinji é filho de Gendo, mas não tem a atenção dele, pois foi acusado de ter matado a mãe. Shinji prefere ficar sozinho (querendo  evitar que as pessoas o machuquem), mas muda com o tempo. Muito pessimista e inseguro, fica dependente das pessoas de personalidade mais forte, esperando que elas tomem as decisões importantes em sua vida.

Touji Suzahara - Piloto do EVA-03, é a quarta criança. Aparenta pensar apenas em si, mas se preocupa muito com os outros. Sua irmã se feriu no ataque do terceiro angel a Tokyo-03. Bateu em Shinji porque descobriu que ele pilotava o Eva-01, que aparentemente machucou a sua irmã, quando na verdade a salvou. Torna-se um grande amigo de Shinji e Kensuke. Quando pilotava o Eva-03, um Angel o infectou. Foi atacado pelo EVA-01 - a contra gosto de Shinji, que teve seu Eva enlouquecido pelo novo sistema implantado por Gendo, fazendo com que o EVA-03 fosse totalmente destruído. Depois disso, nunca mais pilotou, pois perdeu braço e perna esquedos.

Yui Ikari - É mãe de Shinji e esposa de Gendo. Morreu durante um teste com o EVA-01, onde ocorreu um erro de sincronização. Seu estado físico foi dissolvido e foi absorvida pelo EVA-01, se tornado a alma dele. Gendo a amava muito e Rei foi feita com o DNA de Yui. Shinji tinha 3 anos quando Yui morreu e presenciou sua morte. Yui apareceu para Shinji quando ele quase estava morrendo (do mesmo modo que ela).